Difference between revisions of "Software Acknowledgements"

From GeneSetEnrichmentAnalysisWiki
Jump to navigation Jump to search
Line 3: Line 3:
 
</div>
 
</div>
 
<p> </p>
 
<p> </p>
<table cellpadding="0" border="0" class="MsoNormalTable" style="">
+
<table cellpadding="0" border="0" style="" class="MsoNormalTable">
 
     <tbody>
 
     <tbody>
 
         <tr style="height: 73.5pt;">
 
         <tr style="height: 73.5pt;">
Line 13: Line 13:
 
             </td>
 
             </td>
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 73.5pt;">
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 73.5pt;">
             <p><font size="3">[http://www.jidesoft.com </font><font size="3">jidesoft.com</font><font size="3">]</font></p>
+
             <p><font size="3">[http://www.jidesoft.com www.</font><font size="3">jidesoft.com</font><font size="3">]</font></p>
 
             </td>
 
             </td>
 
         </tr>
 
         </tr>
Line 25: Line 25:
 
             </td>
 
             </td>
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 73.5pt;">
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 73.5pt;">
             <p><font size="3">[http://java.sun.com/ </font><font size="3">java.sun.com/</font><font size="3">]&nbsp;</font></p>
+
             <p><font size="3">[http://java.sun.com/ </font><font size="3">java.sun.com</font><font size="3">]&nbsp;</font></p>
 
             </td>
 
             </td>
 
         </tr>
 
         </tr>
Line 37: Line 37:
 
             </td>
 
             </td>
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 84pt;">
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 84pt;">
             <p><font size="3">[http://www.r-project.org/index.html </font><font size="3">www.r-project.org/index.html</font><font size="3">]</font></p>
+
             <p><font size="3">[http://www.r-project.org/index.html </font><font size="3">www.r-project.org</font><font size="3">]</font></p>
 
             </td>
 
             </td>
 
         </tr>
 
         </tr>
Line 49: Line 49:
 
             </td>
 
             </td>
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 64.5pt;">
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 64.5pt;">
             <p><font size="3">[http://www.intellij.com/idea/]&nbsp;</font></p>
+
             <p><font size="3">[http://www.intellij.com/idea/ </font><font size="3">www.intellij.com/idea</font><font size="3">]&nbsp;</font></p>
 
             </td>
 
             </td>
 
         </tr>
 
         </tr>
Line 60: Line 60:
 
             </td>
 
             </td>
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 24pt;">
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 24pt;">
             <p><font size="3">[http://www.jgoodies.com/]</font></p>
+
             <p><font size="3">[http://www.jgoodies.com/ </font><font size="3">www.jgoodies.com</font><font size="3">]</font></p>
 
             </td>
 
             </td>
 
         </tr>
 
         </tr>
Line 71: Line 71:
 
             </td>
 
             </td>
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 64.5pt;">
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 64.5pt;">
             <p><font size="3">&nbsp;[http://foxtrot.sourceforge.net/docs/introduction.php]&nbsp;</font></p>
+
             <p><font size="3">&nbsp;[http://foxtrot.sourceforge.net/docs/introduction.php </font><font size="3">foxtrot.sourceforge.net</font><font size="3">]&nbsp;</font></p>
 
             </td>
 
             </td>
 
         </tr>
 
         </tr>
Line 82: Line 82:
 
             </td>
 
             </td>
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 64.5pt;">
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 64.5pt;">
             <p><font size="3">[http://www.dom4j.org/]&nbsp;</font></p>
+
             <p><font size="3">[http://www.dom4j.org/ </font><font size="3">www.dom4j.org</font><font size="3">]&nbsp;</font></p>
 
             </td>
 
             </td>
 
         </tr>
 
         </tr>
Line 94: Line 94:
 
             </td>
 
             </td>
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 64.5pt;">
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 64.5pt;">
             <p><font size="3">[http://www.lowagie.com/iText/]</font></p>
+
             <p><font size="3">[http://www.lowagie.com/iText/ </font><font size="3">www.lowagie.com/iText</font><font size="3">]</font></p>
 
             </td>
 
             </td>
 
         </tr>
 
         </tr>
Line 106: Line 106:
 
             </td>
 
             </td>
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 96.75pt;">
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 96.75pt;">
             <p><font size="3">[http://jakarta.apache.org/poi/hssf/index.html]&nbsp;</font></p>
+
             <p><font size="3">[http://jakarta.apache.org/poi/hssf/index.html </font><font size="3">jakarta.apache.org/poi</font><font size="3">]&nbsp;</font></p>
 
             </td>
 
             </td>
 
         </tr>
 
         </tr>
Line 118: Line 118:
 
             </td>
 
             </td>
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 123pt;">
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 123pt;">
             <p><font size="3">[http://www.object-refinery.com/jfreechart/]&nbsp;</font></p>
+
             <p><font size="3">[http://www.object-refinery.com/jfreechart/ </font><font size="3">www.object-refinery.com/jfreechart</font><font size="3">]&nbsp;</font></p>
 
             </td>
 
             </td>
 
         </tr>
 
         </tr>
Line 130: Line 130:
 
             </td>
 
             </td>
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 82.5pt;">
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 82.5pt;">
             <p><font size="3">[http://www.junit.org/index.htm]&nbsp;</font></p>
+
             <p><font size="3">[http://www.junit.org/index.htm </font><font size="3">www.junit.org</font><font size="3">]&nbsp;</font></p>
 
             </td>
 
             </td>
 
         </tr>
 
         </tr>
Line 142: Line 142:
 
             </td>
 
             </td>
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 130.5pt;">
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 130.5pt;">
             <p><font size="3">[http://jakarta.apache.org/log4j/docs/]&nbsp;</font></p>
+
             <p><font size="3">[http://jakarta.apache.org/log4j/docs/ </font><font size="3">jakarta.apache.org/log4j</font><font size="3">]&nbsp;</font></p>
 
             </td>
 
             </td>
 
         </tr>
 
         </tr>
Line 153: Line 153:
 
             </td>
 
             </td>
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 38.25pt;">
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 38.25pt;">
             <p><font size="3">[http://jakarta.apache.org/oro/]&nbsp;</font></p>
+
             <p><font size="3">[http://jakarta.apache.org/oro/ </font><font size="3">jakarta.apache.org/oro</font><font size="3">]&nbsp;</font></p>
 
             </td>
 
             </td>
 
         </tr>
 
         </tr>
Line 164: Line 164:
 
             </td>
 
             </td>
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 64.5pt;">
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 64.5pt;">
             <p><font size="3">[http://trove4j.sourceforge.net/]&nbsp;</font></p>
+
             <p><font size="3">[http://trove4j.sourceforge.net/ </font><font size="3">trove4j.sourceforge.net</font><font size="3">]&nbsp;</font></p>
 
             </td>
 
             </td>
 
         </tr>
 
         </tr>
Line 175: Line 175:
 
             </td>
 
             </td>
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 49.5pt;">
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 49.5pt;">
             <p><font size="3">[http://jakarta.apache.org/ecs/]</font></p>
+
             <p><font size="3">[http://jakarta.apache.org/ecs/ </font><font size="3">jakarta.apache.org</font><font size="3">]</font></p>
 
             </td>
 
             </td>
 
         </tr>
 
         </tr>
Line 186: Line 186:
 
             </td>
 
             </td>
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 49.5pt;">
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 49.5pt;">
             <p><font size="3">[http://home.snafu.de/tilman/xenulink.html]</font></p>
+
             <p><font size="3">[http://home.snafu.de/tilman/xenulink.html </font><font size="3">home.snafu.de/tilman/xenulink</font><font size="3">]</font></p>
 
             </td>
 
             </td>
 
         </tr>
 
         </tr>
Line 197: Line 197:
 
             </td>
 
             </td>
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 12pt;">
 
             <td width="40%" style="padding: 0.75pt; width: 40%; height: 12pt;">
             <p><font size="3">[http://www.zerog.com/]</font></p>
+
             <p><font size="3">[http://www.zerog.com/ </font><font size="3">www.zerog.com</font><font size="3">]</font></p>
 
             </td>
 
             </td>
 
         </tr>
 
         </tr>

Revision as of 14:39, 28 March 2006

GSEA implementations use many software tools and libraries, several of which are open source and/or freely available. Our thanks to their developers.

<tbody> </tbody>

Jide Software

Java/Swing components

www.jidesoft.com

The Java 2 Platform

Duke.gif

Language that the GSEA desktop application is written in

java.sun.com 

The R programming language

Rlogo.jpg

Language that the GSEAP-P-R is written in

www.r-project.org

 Intellij IDEA

Idea.png

An awesome integrated development environment for Java

www.intellij.com/idea 

JGoodies

Forms layout and java look and feel

www.jgoodies.com

foxtrot

Java event handling mechanism for GUI's.

 foxtrot.sourceforge.net 

dom4j

XML Parser

www.dom4j.org 

itext

Itext.gif

Java PDF library

www.lowagie.com/iText

<st1:place w:st="on"><st1:city w:st="on">jakarta</st1:city></st1:place> POI (especially HSSF)

Poi-logo.png

Java excel reporting

jakarta.apache.org/poi 

JFreeChart

Jfreechart.png

Graphing library for Java

www.object-refinery.com/jfreechart 

JUnit

Junit.gif

Unit testing API

www.junit.org 

log4j

Log4j.jpg

Logging toolkit for Java

jakarta.apache.org/log4j 

Oro

Regular expressions library in Java

jakarta.apache.org/oro 

Trove

High performance collections library from GNU

trove4j.sourceforge.net 

ECS

Element construction set (a HTML tag library from Apache  <st1:place w:st="on"><st1:city w:st="on">Jakarta</st1:city></st1:place>)

jakarta.apache.org

Xenu link sleuth

Website broken link checker

home.snafu.de/tilman/xenulink

InstallAnywhere

Java installation program builder

www.zerog.com

<o:p> </o:p>