Difference between revisions of "Mapping between v3.1 and v3.0 gene sets"

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</tbody>
 
</table>
 
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Revision as of 19:23, 2 October 2012

This page only includes gene sets from v3.0 with direct counterparts in v3.1, or sets that became deprecated in v3.1.

C2 collection

<tbody> </tbody>
v3.0 (old) v3.1 (new)
HOLLMAN_APOPTOSIS_VIA_CD40_UP HOLLMANN_APOPTOSIS_VIA_CD40_UP
HOLLMAN_APOPTOSIS_VIA_CD40_DN HOLLMANN_APOPTOSIS_VIA_CD40_DN
FARMER_BREAST_CANCER_APOCRINE VS LUMINAL FARMER_BREAST_CANCER_APOCRINE_VS_LUMINAL
SCHWAB_TARGETS_OF_BMYB_S427G_UP SCHWAB_TARGETS_OF_BMYB_POLYMORPHIC_VARIANTS_UP
SCHWAB_TARGETS_OF_BMYB_S427G_DN SCHWAB_TARGETS_OF_BMYB_POLYMORPHIC_VARIANTS_DN
IIZUKA_RECURRENT_LIVER_CANCER IIZUKA_LIVER_CANCER_EARLY_RECURRENCE
WELCSH_BRCA1_TARGETS_1_UP WELCSH_BRCA1_TARGETS_UP
WELCSH_BRCA1_TARGETS_1_DN WELCSH_BRCA1_TARGETS_DN
FOSTER_INFLAMMATORY_RESPONSE_LPS_UP FOSTER_TOLERANT_MACROPHAGE_UP
FOSTER_INFLAMMATORY_RESPONSE_LPS_DN FOSTER_TOLERANT_MACROPHAGE_DN
KAPOSI_LIVER_CANCER_POOR_SURVIVAL_UP KAPOSI_LIVER_CANCER_MET_UP
KAPOSI_LIVER_CANCER_POOR_SURVIVAL_DN KAPOSI_LIVER_CANCER_MET_DN
KORKOLA_TERATOMA_DN deprecated: over 90% identity to another set
KORKOLA_YOLK_SAC_TUMOR_DN deprecated: over 90% identity to another set
ZHOU_INFLAMMATORY_RESPONSE_LPS_DN deprecated: over 90% identity to another set
NAKAMURA_LUNG_CANCER_MARKERS deprecated: over 90% identity to another set
FARMER_BREAST_CANCER_CLUSTER_3 deprecated: over 90% identity to another set
FINETTI_BREAST_CANCER_BASAL_VS_LUMINAL deprecated: over 90% identity to another set
GRESHOCK_CANCER_COPY_NUMBER_DN deprecated: over 90% identity to another set
RUNNE_GENDER_EFFECT_DN deprecated: size < 5 after mapping to human Entrez Gene IDs
TONKS_TARGETS_OF_RUNX1_RUNX1T1_FUSION_SUSTAINDED_IN_ERYTHROCYTE_DN deprecated: size < 5 after mapping to human Entrez Gene IDs
MUELLER_X_LINKED_COPY_NUMBER_UP deprecated: size < 5 after mapping to human Entrez Gene IDs
MUELLER_X_LINKED_COPY_NUMBER_DN deprecated: size < 5 after mapping to human Entrez Gene IDs
VICENT_METASTASIS_DN deprecated: size < 5 after mapping to human Entrez Gene IDs
ACEVEDO_METHYLATED_IN_LIVER_CANCER_UP deprecated: size > 2,000 after mapping to human Entrez Gene IDs
BOYAULT_LIVER_CANCER_SUBCLASS_G5_UP deprecated: size < 5 after mapping to human Entrez Gene IDs
GUTIERREZ_MULTIPLE_MYELOMA_UP deprecated: size < 5 after mapping to human Entrez Gene IDs
GOVONI_GH1_TARGETS_24HR_DN deprecated: size < 5 after mapping to human Entrez Gene IDs
RUGO_ENVIRONMENTAL_STRESS_RESPONSE_UP deprecated: the set has incorrect PMID and contains original members from another set
RUGO_RESPONSE_TO_4NQO deprecated: the set has incorrect PMID and contains original members from another set
RUGO_RESPONSE_TO_GAMMA_RADIATION deprecated: the set has incorrect PMID and contains original members from another set
RUGO_STRESS_RESPONSE_SUBSET_F deprecated: the set has incorrect PMID and contains original members from another set
RUGO_STRESS_RESPONSE_SUBSET_G deprecated: the set has incorrect PMID and contains original members from another set
RUGO_STRESS_RESPONSE_SUBSET_H deprecated: the set has incorrect PMID and contains original members from another set
RUGO_UV_RESPONSE deprecated: the set has incorrect PMID and contains original members from another set
SCHWAB_TARGETS_OF_BMYB_I624M_UP deprecated after review
SCHWAB_TARGETS_OF_BMYB_I624M_DN deprecated after review
TOOKER_RESPONSE_TO_BEXAROTENE_UP deprecated after review
TOOKER_RESPONSE_TO_BEXAROTENE_DN deprecated after review
HSC_MATURE_FETAL deprecated after review
LEE_LIVER_CANCER_TOP50 deprecated after review

C4 collection

<tbody>

</tbody>

v3.0 (old) v3.1 (new)
module_1MODULE_1
module_2MODULE_2
module_3MODULE_3
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